Fullmetal Alchemist 2009 wird eine direkte Umsetzung zum Manga. Nicht wie die erste Staffel, wo nur der Anfang gleich wahr wie im Manga und später andere Wege ging. Also wird es andere Abenteuer geben ;) In dieser Welt existiert eine Kraft, die grenzenlos erscheint. Alchemie, auch bekannt als Equivalenter Austausch, funktioniert unter dem Prinzip der Grundlagen dieser Welt. Um einen Gegenstand zu erhalten, muss etwas anderes mit dem selben Wert dafür eingetauscht werden. Manche nennen es eine Wissenschaft, andere Magie und wiederrum andere glauben es wäre ein Wunder. Aber egal wie mächtig Alchemie auch sein mag, es hat trotzdem Grenzen, die nicht überschritten werden dürfen. Die Gebrüder Elric, vorloren ihre Mutter und verletzten daraufhin das größte Tabu der Alchemie: Die Menschliche Transmutation. In Folge dessen, verlor der jüngere Bruder Alphonse seinen gesammten Körper. Seine Seele ist nun an eine große Rüstung gebunden. Der ältere Bruder Edward, verlor seinen Arm und sein Bein, welche er durch Maschienen - Automail - ersetzte. Nun ziehen sie durch die Welt, in der Hoffnung Alphonse seinen Körper wieder geben zu können.