Toru Soma ist Mitglied von Steppen Wolf, einer Hackergruppe. Diese Gruppe beschließt noch eine letzte Attacke auszuführen, indem sie sich in das Netz von FLAK hacken, eine führende Militärorganisation, die von den Vereinten Nationen geleitet wird um Cyber-Terrorismus zu bekämpfen. Sie werden jedoch schnell entdeckt, was im Tod von Yuya, dem Anführer von Steppen Wolf, sowie der Verhaftung der Mitglieder führt. Um einer langen Haftstrafe zu entgehen, beschließt Toru FLAK beizutreten und gleichzeitig nach den Verantwortlichen für den Tod von Yuya zu finden. Während er nun den Mörder seines Freundes sucht, muss er gleichzeitig die Netzwerke vor Fei Dao schützen, einer Extremistengruppe die die Stabilität der vernetzten Welt bedroht.