Zwischen der "nördlichen Regierung" und der "freien Zone des südlichen Kontinents", welche gegeneinander Krieg führen, liegt "Sentan Island", eine neutrale und beschauliche Insel.
Akiyuki Takehara lebt mit seiner Mutter Fusa auf dieser Insel. Trotz des angespannten Verhältnisses zwischen seiner Mutter und seinem Vater Ryuzo, dem Dorfdoktor, ist die Verbindung zwischen ihm und seinem Vater stark. Eines Tages wird die Idylle jedoch gestört, als Akiyuki zusammen mit seinen besten Freunden Haru und Furuichi in eine Bombenexplosion verwickelt werden. Die Explosion erzeugt ein seltsames Licht, das in Akiyukis Arm eindringt. Ohne die Situation genau zu erfassen, verwandelt er sich plötzlich in einen sogenannten "Xam'd". Währenddessen erscheinen Truppen der nördlichen Regierung, mit denen Akiyuki in eine Auseinandersetzung gerät. Ein mysteriöses Mädchen kommt ihm zu Hilfe und bringt Akiyuki auf das Post-Flugschiff von Ish? Benikawa, wo das Abenteuer erst richtig beginnt...