Himawari handelt vom Ninjamädchen Himawari, das unbedingt eine Kunoichi (weibliche Ninja) werden will, seit dem sie von einem Ninja gerettet wurde. Eines Tages trifft Marikoji Hayato ein, ein Lehrer, der seine Schulden abbauen möchte und daher eine freie Lehrstelle an der Ninja Akademie annimmt. Der neue Lehrer stößt Himawari in eine turbulente Love Comedy. Kann sie schlussendlich ihr Ziel erreichen und eine Kunoichi werden, oder werden die anderen Studenten ihr Steine in den Weg werfen. All das und noch mehr erfahren sie in Himawari.