In "Nogizaka Haruka no Himitsu" geht es um Yuto Ayase und Haruka Nogizaka. Im Gegensatz zu Haruka, die intelligent, hübsch und reich ist, scheint Yuto nur ein ganz gewöhnlicher Schüler zu sein. Haruka, auch bekannt als "Nuit Etoile" oder "Lumiere du Clavier", wird von ihren Mitschülern sehr bewundert und als Vorbild genommen. Eines Tages will Yuto ein ausgeliehenes Buch der Schulbücherei zurückgeben, doch er stolpert ohne es zu wollen auf Harukas trieftest und dunkelstes Geheimnis: Sie ist ein absoluter Anime- und Mangafan bzw. ein ganz normaler Otaku. Yuto verspricht Haruka ihr Geheimnis zu bewahren und wird zu ihren Berater und Vertrauten, doch er bekommt schnell den Neid seiner Mitschüler zu spüren...