Japan im Krieg. Im Jahr 2079 A.D beginnen mysteriöse Zellanhäufungen die sogenannten WORMs, die Menschen auszulöschen. Nach zwei Jahren des Krieges scheinen die Menschen den WORMs zu unterliegen. Die Menschheit entscheidet sich daraufhin Massenvernichtungswaffen einzusetzen, womit sie es unter großen Verlusten schaffen, die WORMs vermeintlich zu vernichten. Drei Jahre später tauchen sie wieder auf und werden von der Koryu, einem Spezialschiff, welches drei, von Wissenschaftlern entwickelte, Kampfeinheiten beherbergt, abgefangen. Die Pilotinnen dieser drei Kampfeinheiten sind die drei jungen Mädchen Sakurano Otoha, Sonomiya Karen und Ichijo Eika. Ob sie es schaffen die neu aufgetauchten WORMs in ihren Mechas zurückzuschlagen?