Kamisaka Haruhi wird in Kindheitstagen, von einem Jungen in ihrem Alter, vor den Schikanen einer Gruppe Jungs gerettet. Dieser Junge benutzte Magie um sie aus der Notsituation zu retten. Jahre später: Magie ist etwas alltägliches, was sogar in den Schulen gelehrt werden kann. Die Schulen sind geteilt: In Magierbereich und "Normalbereich". Kamisaka Haruhi hat das Magiestudium nicht nur angefangen, nein, sie ist auch noch als Genie bekannt und wird als Schulschönheit gehandelt. Trotzdem fehlt ihr noch eins zum Glück: Sie will den Jungen treffen, der sie mit Hilfe seiner Magie damals rettete und ihm ihre Zuneigung zu zeigen. Kohinata Yuma ist ein Schüler der auf die gleiche Schule wie Kamisaka Haruhi geht, doch nur mit dem Unterschied: er ist im Bereich für die "normalen" Studenten untergebracht. Am Valentinstag wird er gezwungen mit seinem Freund Watarase Jun Schikolade kaufen zu gehen. Durch diverse Umstände trifft er im Park auf Kamisaka Haruhi und erhält Valentine´s Schokolade von ihr. Um dem das ganze noch zu verkomplizieren, stürzt unter mysteriösen Umständen der Bereich der Magier der Schule zusammen und die Klassen werden zusammengelegt. Weitere Ereignisse der mysteriösen Art folgen. Es stellt sich auch noch für Kamisaka Haruhi die Frage, ob Kohinata Yuma dieser Junge aus Kindheitstagen ist und wieso er keine Magie einsetzten kann/will.