Hanasaki Tsubomi geht in die zweite Klasse der Mittelschule und liebt Pflanzen insbesondere Blumen. Eines Tages hatte sie einen komischen Traum von einem großen Baum in voller Blüte. Plötzlich verwelkten die Blüten und die Geister des Baumes flogen davon.
Ein paar Tage später, nachdem Tsubomi auf die Myodou-Schule gewechselt ist, tauchen diese Geister, die sie im Traum gesehen hatte, vor ihr auf und bitten sie, eine legendäre Kriegerin Pretty Cure zu werden, und den "Großen Baum der Herzen" zu verteidigen. Tsubomi lehnt mit der Begründung ab, sie könne das nicht alleine machen. Wie es der Zufall will, greift während dieses Gesprächs ein unbekannter Feind an und die Herzblume von Tsubomis neuer Klassenkameradin, Kurumi Erika, wird gestohlen. Um Erika zu retten, bleibt ihr keine andere Wahl, als zu einer Pretty Cure, namens Cure Blossom, zu werden und zu kämpfen.