Shining Tears X Wind spielt auf dem Traumkontinent Weltenende, der eine Art andere Dimension ist. Der Anime beginnt jedoch in unserer Welt. Der Schülerrat der St. Ruminus Academy untersucht das Verschwinden eines Schülers aus dem ersten Jahrgang. Nachdem der Präsident des Rates Saionji und seine Assistentin Hiruda auf ein Buch gestoßen sind, das von einer anderen Welt berichtet, fehlt auch von ihnen jede Spur. Die anderen Schülerratsmitglieder sorgen sich, dann treffen Souma und Kureha jedoch auf ein merkwürdiges Mädchen mit Katzenohren namens Mao, die von einem Wolfswesen verfolgt wird. Mao ist in diese Welt gekommen, weil sie einen geflügelten Mann namens Zero sucht. Als Souma und Mao gegen das Wolfswesen kämpfen, wird Maos Spiegel zerstört und sie werden durch ein Chaos Gate nach End Earth gezogen.

Dabei werden Souma und Kureha jedoch von Mao getrennt. So sind sie also auf einer fremden Welt gestrandet und auf sich allein gestellt. Zu allem Überfluss werden sie dann auch noch von Monstern angegriffen und Kureha wird verletzt. Es scheint, als stecke ein Schwertgriff in ihrem Herzen und Souma zieht ihn heraus. Es ist jedoch kein normales Schwert, sondern ein Soulblade. Es ist Harudas Herz, dass die Gestalt eines Schwertes angenommen hat. Eine alte Legende besagt, dass wenn die Länder von Weltenende große Not leiden, Soulbladekieger aus Elde kommen werden, um dem Land Frieden zu bringen. Kurz nachdem Souma mit Kurehas Soulblade die angreifenden Monster besiegt hat, erscheint ein weiteres Tierwesen. Dieses will jedoch nicht mit ihnen kämpfen, sondern erklärt ihnen, was es mit den Soulblades auf sich hat. Er lädt sie in die Hauptstadt des Beast-Landes, Haiyou Seiran, ein. Dort treffen sie auf den Kanzler Schumari.

Ehe sie sich versehen, werden sie in einen Krieg zwischen Seiran und dem Menschenland Pilius verwickelt. Souma und Kureha entschließen sich Seiran zu helfen, damit das Volk nicht länger leiden muss. Als sie dann auf dem Schlachtfeld auf einen weiteren Soulbladekrieger stoßen, müssen sie feststellen, dass sie nicht die Einzigen sind, die von Elde nach Weltenende gewechselt sind. Denn die Soulbladekrieger, die für Pilius kämpfen, sind die Schulratsmitglieder Kiriya und Seena. So stehen sich auf einmal Freunde als Feinde gegenüber. Souma und Kureha sind geschockt, denn nun stellt sich die Frage, wer auf der richtigen Seite steht...