Eines Tages findet Kudou Taiki heraus, dass er der einzige ist, der eine seltsame Melodie hören kann. Aus dieser Melodie heraus, kommt eine schwache Stimme, die um Hilfe ruft und scheinbar dem Tode nahe zu sein scheint...
"Ich ... kann ihn nicht im Stich lassen!"
Shoutmons Herz reagiert auf Taikis Stimme und bringt so ein seltsames Gerät, den Digimon X Loader, dazu zu erscheinen! Shoutmons Melodie, die kurz davor war endgültig zu erlöschen, wird in den X Loader gesaugt und in diesem Moment wird Taiki in eine andere Welt gezogen...!
Als er dort ankommt, sieht Taiki die Monster dieser digitalen Welt, die Digimon, gegeneinander kämpfen. In dieser seltsamen Welt, versucht das Bagra Imperium die Herrschaft an sich zu reißen und sich hohe Vorteile zu erkämpfen, weshalb sie Shoutmons friedliches Dort bereits mit all ihren Truppen angreifen. Und obwohl das übermeschlich starke Ballistamon die Angriffe mutig erwidert, sind die Verteidiger schwach.
Durch Taikis X Loader wieder gestärkt, erscheint ein weiteres Monster. Dies ist Shoutmon. Shoutmon kämpft verzweifelt an der Seite seiner Freunde aus dem Dorf. Doch trotzdem ist die Bagra Armee unglaublich stark und bringt so Shoutmon und seine Gruppe in tödliche Gefahr. Die Gefahr missachtend, verteidigt Taiki Shoutmon. In dem moment reagiert der X Loader. Auf Taikis Kommando hin verschmelzen Shoutmon und Ballistamon zusammen!
"Das ist... DigiXros!"
In dem Moment findet die Verschmelzung "DigiXros", die sogar in der Digital World etwas besonderes ist, statt! Mit der Hilfe von DigiXros schaffen es Taiki, Shoutmon und die anderen die Bagra Armee zurückzudrängen. Dabei werden sie von einem Jungen, der schon bald Taikis starker Rivale werden soll, Aonuma Kiriha, und seinem Team beobachtet, wie auch von der mysteriösen Schönheit, Nene...!
Während sie gegen das Bagra Imperium kämpfen, dass die Digital World übernehmen will, wächst die Gruppe von Taiki und Shoutmon, als sie auf Dorulumon treffen.
Strebt Taiki danach, während er zusammen mit Shoutmon kämpft, der neue King der Digital World zu werden, oder will er nur den Frieden wiederherstellen?
Nun beginnt ein epischer Krieg in der Digital World!