"Clannad" spielt in einem Gymnasium in einer japanischen Stadt. Okazaki Tomoya ist ein Schüler, der die Schule nicht wirklich ernst nimmt, denn er kommt immer zu spät während seine Mitschüler sich auf die bevorstehende Aufnahmeprüfung vorbereiten. Deshalb hat er auch nicht viele enge Freunde.

Tomoya scheint das auch nicht sonderlich zu interessieren, bis er eines Tages ein Mädchen namens Furukawa Nagisa kennen lernt, die sich ihn von da an anschließt. Zuerst dachte er, dass sie nur ein ungeschicktes Mädchen sei, doch aus irgendeinem Grund kann er sie nicht alleine lassen und hilft ihr. Dabei trifft er ein paar andere Mädchen von seiner Schule. Obwohl sie ihm anfangs eigentlich egal waren, öffnet er ihnen sein Herz, um sich besser kennen zulernen.