Kodomo no Jikan ist eine Geschichte, die sich um den dreiundzwanzigjährigen Volksschullehrer Daisuke Aoki dreht. Sein größtes Problem ist, dass sich einer seiner Schülerinnen namens Rin Kokonoe in ihn verliebt hat. Rin ist ein boshaftes junges Mädchen, welches sogar soweit geht und sich als Daisukes Freundin bezeichnet. Ihre Versuche, mit ihm ein paar zu werden, setzt sie fort, trotz des Wissens, das er durch diese Beziehung seinen Job verlieren könnte.