Die zehnjährige Mikan Sakura ist in einem kleinen Dorf bei ihrem Großvater aufgewachsen. Als Hotaru Imai in ihre Klasse kommt, freunden sich die beiden bald an. Doch Hotaru besitzt ein Erfinder-Alice und muss deshalb bald auf die Alice Academy. Mikan ist traurig über den Verlust ihrer besten Freundin und beschließt nach einiger Zeit, mit den Ersparnissen ihres Großvaters Hotaru auf die Schule zu folgen
Vor den Toren der Schule trifft sie den Lehrer Narumi, der glaubt, dass Mikan eine Alice hat. Er will Mikan anmelden und sie ins Haupthaus zum Direktor der Schule bringen, begegnet zuvor jedoch noch dem Alice Natsume Hy?ga, der gerade von der Schule fliehen will. Narumi spricht mit dem Direktor und teilt Mikan mit, dass sie unter Vorbehalt aufgenommen sei. Jedoch fällt es ihr schwer, sich einzuleben, da Hotaru ihr die kalte Schulter zeigt und Natsume und Luca, die „Schlüpfer-Diebe“, in ihrer Klasse sind. Doch als Mikan von anderen angegriffen wird, beschützt Hotaru sie und sie werden wieder Freunde. Aber nun verlangt Natsume von Mikan, dass sie, um von der Klasse akzeptiert zu werden, durch den gefährlichen Nordwald gehen soll.