Das Jahr 2032: Die Erde im Chaos. "Blue's", so genannte "Käfer" haben die Erde überrannt und die Menschheit verrottet. Mitten in dieser Zeit erwacht nach 32 Jahren in einer Kapsel ein junger Mann Namens "Yuji". Er beobachtet in seiner Kapsel wie er von Soldaten durch einen Tunnel transportiert wird. Plötzlich wird der Trupp von den Blues angegriffen. In den Wirren des Kampfes kann sich Yuji befreien und flieht. Kurz bevor er aber von den Blues angegriffen wird, kommt einer der Soldaten in einem Mech zur Hilfe. Ihr Name ist "Marlene" und gehört zu einen Soldatentrupp der "Second Earth", die den Auftrag haben den "Sleeper", so Yujis Bezeichnung, auf die "Second Earth" zu bringen. Während ihres langen und kampfbetonten Weges quer durch zerstörte Städte und Landschaft.

Mitten in der Stadt trifft Yuji auf arme Menschen, die wegen ihrer "Wertlosigkeit" achtlos auf der Erde ihrem Schicksal überlassen wurden. Marlene nimmt so was achselzuckend hin und fängt sich so von Yuji eine Ohrfeige ein...
Immerhin bietet er sich freiwillig an, die Mechsteuerung zu erlernen, um den Trupp zu unterstützten. Das wird auch bald bitter nötig, als ein neuer Blueangriff ansteht und nur noch Yuji und Marlene übrig bleiben. In der Zeit lernen sie sich weiter kennen und Yuji schafft es langsam, Marlenes "kaltes Herz" zu erobern. Bald haben sie es, nach einen erneuten bitterharten Kampf, geschafft es auf die "Second Earth" zu kommen. Doch mitten im Flug, als Yuji und Marlene sich ihren Gefühle bekennen, greift ein Biest an und Yuji wird dabei verletzt. Verletzt wird er auf die Krankenstation gebracht. Zwei Monate vergehen, ohne dass sich die beiden je wieder getroffen haben.

Ab da dreht sich die Story. Die Menschheit plant einen letzten großen Versuch die Erde von den "Blues" zu befreien. Mittendrin Marlene und Yuji ohne voneinander zu wissen. Yuji scheint sich in der Zeit verändert zu haben.
Werden Marlene und Yuji wieder zueinander finden? Schafft es die Menschheit die Erde zurückzuerobern?

Der Film ist eine Zusammenfassung der 26 teiligen, gleichnamigen Serie mit einen alternativen Ende.