"Man sagt, dass 70% des menschlichen Gehirns ungenutzt sind. Es wird vermutet, dass die beeindrucken Kräfte der Menschen in diesen Bereichen verborgen sind. Die ungenutzten 70% sind auch bekannt als 'Night Head Genesis'". So beginnt Night Head Genesis und führt den Zuschauer sogleich in die mysteriöse Welt von Naoya und Naoto. Die beiden Kirihara Brüder werden als kleine Buben aufgrund ihrer unglaublichen Kräfte von ihren Eltern in eine besondere "Anstalt" bzw. Labor geschickt. Dort verbringen sie einige Jahre, bis sie Erwachsene sind.

Doch als Meister Misaki stirbt, bricht die Barriere im Wald um das Labor zusammen, die die beiden vor der Flucht abgehalten hat... Was werden die Brüder mit ihren mysteriösen Kräften in der Welt bewirken? Und was hat es mit der "Minusenergie" auf sich?