Yakitate! Japan handelt von einem Jungen namens Kazuma Azuma, der als kleines Kind die Liebe zum Brotbacken entdeckt. Sein Traum ist Japan zu backen, ein Brot, das Japan in der Welt repräsentiert. Deutschland hat das Roggenbrot, Frankreich das Baguette, Großbritannien den Toast, aber Japan hat noch kein derartiges Brot. Hinter Japan versteckt sich ein Wortspiel, denn pan ist das japanische Wort für Brot. Die ganze Serie ist von Wortspielen dieser Art durchzogen, die meist dadurch zustande kommen, dass Kazuma ein Wort falsch versteht, so wird beispielsweise aus Kurowassan (de.: Croissant) Kurowa-san (de.: Herr Kurowa). Kazuma versucht im Hauptladen der großen Backkette Pantasia anzuheuern, weil er meint, so seinem Traum ein Stück näher zu kommen, doch muss er erst durch die Aufnahmeprüfung. Dort wird man schnell auf seine Sonnenhände aufmerksam, die die Kraft besitzen mit Teig eigentlich unmögliches anzustellen. So versucht Kyousuke Kawachi Kazuma für seine eigenen Zwecke zu missbrauchen und Tsukino Azusagawa würde ihn gerne in ihrem eigenen Pantasia-Laden im Süden von Tokio haben.