Die Geschichte spielt in einer Welt, in der eine Gruppe von Mädchen existiert, die sich selbst "Magische Mädchen" oder "Majo" nennen. Um sich ihrer Umwelt möglichst unauffällig anzupassen halten sie ihre magischen Kräfte geheim. Dank dieser Vorgehensweise lebten sie und ihre Nachkommen viele Jahre ungestört und in Harmonie mit den anderen Menschen.
Sasami verfügt schon seit ihrer Geburt über die besonderen Fähigkeiten, die ein "Magisches Mädchen" auszeichnen. Im Alter von drei Jahren wird sie von ihren Eltern dazu verpflichtet von nun an die ihr innewohnenden Kräfte vor anderen zu verbergen und nicht mehr einzusetzen. Lange Zeit geht alles gut - als aber zu Beginn eines neuen Schuljahres ein neuer Austauschlehrer namens Wajuu an ihre Schule kommt beginnt sich Sasamis Leben enorm zu verändern...