Miya Tachibana befürchtet, dass ihr unzuverlässiger und leicht perverser großer Bruder Jun'ichi auf ein gescheitertes Leben zusteuert und nie eine Freundin bekommen wird. Umso überraschter ist sie, zu hören, dass ihre beiden besten Freundinnen Ai und Sae ihren "Nii-nii" für "nett" und "zuverlässig" halten. Ist Jun'ichi in der Schule etwa anders als daheim?
Miya beginnt, ihrem Bruder nachzuspionieren - und findet rasch heraus, dass dieser sich mit zahlreichen Mädchen gut versteht, aber keine davon als Freundin in Frage zu kommen scheint. Da kommt ihr ein schrecklicher Verdacht...

Hier erfährt man übrigens auch, was der Name "Amagami" des Anime bedeutet.