Shidou Hikaru, Ryuuzaki Umi und Hououji Fuu sind drei recht unterschiedliche vierzehn jährige Schülerinnen verschiedener Schulen aus Tokio, die aufeinandertreffen, als ihre Klassen alle einen Ausflug zum Tokyo Tower machen. Dort werden sie von einem gleißenden Licht geblendet und finden sich ohne Erklärung in der Welt Cephiro wieder. Prinzessin Emeraude wurde von Zagato, ihrem ehemaligen Priester, entführt, doch ohne ihre Gebete ist Cephiro dem Untergang geweiht und nur die legendären Magic Knights können helfen. Unter Anleitung von Guru Clef und der Waffenschmiedin Presea stürzen sichHikaru, Umi und Fuu ins Abenteuer, um die drei Machins (Runengötter) Rayearth, Selece und Windam zu erwecken. Doch auch Zagato hat Anhänger, die für ihn in die Schlacht ziehen und am Ende ist nicht alles so, wie es zu Anfang scheint.

Basierend auf dem Manga von CLAMP führt der Anime mehr Charaktere ein und lässt die Handlung andere Wendungen nehmen, sodass auch Leser noch überrascht werden können. Gespickt mit SD- und Chibi-Animationen erzählt Mahou Kishi Rayearth recht leichtherzig eine Geschichte über die Kraft der Wünsche, des Herzens und der Freundschaft auf einem fantastischem Hintergrund voller Magie und Action.