Wir schreiben das Jahr UC 0087. Seit dem Ende des einjährigen Krieges sind nun 7 Jahre vergangen. Es wurde eine neue Militärorganisation, die Titans, gebildet, um alle Überreste des alten Zeon Reiches zu beseitigen, allerdings gehen sie überaus skrupellos vor und schrecken nicht einmal vor Giftgasangriffen auf die Zivilbevölkerung zurück. Daher hat sich die A.E.U.G. Gruppe gebildet, welche gegen die Titans und die Erdallianz kämpft und für die Rechte und Souveränität der Kolonien eintritt. Kamille Bidan ist ein Jugendlicher, welcher die Titans aus ganzem Herzen hasst. Während eines Tests des neuen Gundam Mk-II gelingt es Kamille einen Gundam Mk-II zu stehlen, woraufhin er sich der A.E.U.G. anschließt, um gegen die Titans zu kämpfen. Nach und nach stellt sich heraus, dass er ein überaus starker Newtype ist. 
 
Bei Zeta Gundam handelt es sich um die direkte Nachfolgeserie von Mobile Suit Gundam, und viele alte Charaktere aus MSG, wie zum Beispiel Amuro Ray, Char Aznable (als Kamilles Vorgesetzter), Bright Noah und Hayato, tauchen hier, wenn auch in Nebenrollen, wieder auf.