In Fate/Stay geht es um die Ereignisse im Leben des Schuljungen Emiya Shiro, welcher in Fuyuki lebt. Als Shira noch klein war, starben seine Eltern in einem Feuer und er wurde von Emiya Kiritsugu, einem rätselhaften Mann, der sich selbst Zauberer nannte, adoptiert. Schließlich starb jedoch auch Kiritsugu. Ohne dass Shiro oder der Rest von Fuyuki es wissen, ist ihre Stadt das Schlachtfeld eines geheimen Krieges. Wenn die Zeit gekommen ist, sammeln sich Zauberer von Nah und Fern mit ihren Dienern - herbei beschworene Seelen von Helden, die so mächtig sind, dass sie außerhalb der Zeit existieren - und führen einen Krieg um den Heiligen Gral, einem Relikt, dem nachgesagt wird, dass es seinem Besitzer einen Wunsch erfüllt. Da die wirklichen Namen der Diener ihre Schwäche offenbaren, werden sie stattdessen nach ihren Klassifikationen benannt: Saber, Archer, Rider, Berserker, Lancer, Caster, und Assassin. Als Shiro eines Tages nach dem Bogenschützen-Klub nach Hause geht, sieht er zufällig zwei Diener, einen Archer und einen Lancer, auf dem Schulhof gegeneinander kämpfen. Um die Geheimhaltung des Krieges zu sichern, wird Shira von dem Lancer tödlich verletzt, doch Tasaka Rin, ein Mädchen welches bis hierhin wie eine normale Klassenkameradin wirkte, rettet sein Leben mit Hilfe eines magischen Anhängers. Als Shira seinen Nachhauseweg komplett verwirrt fortsetzt, wird er wieder von dem Lancer attackiert. Kurz bevor er endgültig das Bewusstsein verliert, erscheint Saber vor ihm und grüßt ihn mit den Worten "Sind sie mein Meister?" Ohne Rücksicht, wird Shiro tiefer und tiefer in den Krieg um den Gral hineingezogen...